Skip to content
August 27, 2011 / ahriman hpc mode

Eclipse, MPICH и PTP для администратора. Настраиваем связку для работы с кластером

Для программирования “под кластер” существует определённое множество технологий, в которое входят такие гранды, как коммерческая Visual Studio, в версии 2010 которой программистами Microsoft была проведена гигантская работа, и свободно-распространяемый Eclipse, о котором и пойдёт речь.
<br />Так, для Eclipse команда разработчиков активно развивает связку PTP & PLDT, всю информацию о которой можно найти на <a href=”http://www.eclipse.org/ptp/”>сайте</a&gt;.
Примечания для интересующихся:
* Рассмотрена компиляция проекта на C. Проект на С++ настраивается аналогично. Для Java не тестировалось.
* Руководство для администратора.

Вкратце:
<i>* Eclipse должен быть соответствующим образом собран с необходимыми плагинами (PTP & PLDT);
* должна быть собрана имплементация MPI (в данном случае MPICH, но можно использовать и OpenMPI);
* MPICH запустит своего демона на вычислительных узлах (включая головной)
</i>

&nbsp;Итак, для начала соберём необходимое ПО. Работать мы будем в Linux.&nbsp;
Предварительно необходимо расшарить по NFS место, откуда будет запускаться MPICH, на все узлы. Это необходимо, так как MPICH должен запускать своего демона на всех узлах.

wget http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/downloads/tarballs/1.2.1p1/mpich2-1.2.1p1.tar.gz
tar xvf mpich2-1.2.1p1.tar.gz
cd mpich2-1.1.1p1
./configure –prefix=/home/mpich
make
make install

Скачиваем Eclipse с eclipse.org, в данном случае Eclipse Galileo. Распаковываем в произвольное место и запускаем.&nbsp;

Eclipse для работы с кластером использует Parallel Tools Platform (PTP) + Parallel Language Development Tool (PLDT). Их мы и установим с помощью Help-&gt;Install New Software.

Update site для PTP: http://download.eclipse.org/tools/ptp/releases/galileo

Выбираем необходимые опции (а необходимы на данном этапе только PTP, PLDT и Support For MPICH2) и устанавливаем плагин. Для окончания настройки плагина нужно установить ещё родной дебаггер, что и делаем:

cd /distr/soft/eclipse/plugins/org.eclipse.ptp.linux.x86_64_3.0.1.201002011019
sh BUILD

Если дебаггер установился (появилась подпапка bin), то переходим к следующему этапу – настройке MPICH2.

Создадим файл .mpd.conf и впишем в него секретное слово для организации “кольца” демонов MPICH2, которое будет использоваться демоном с узлов для коннекта к демону на головном узле
touch /etc/mpd.conf
Вписываем слово:  MPD_SECRETWORD=someword
chmod 0700 /etc/mpd.conf
/home/mpich/bin/mpd -n –daemon
/home/mpich/bin/mpdtrace -l
С помощью mpdtrace получаем номер порта, на котором “повис” наш демон. Его мы и будем использовать для образования “кольца” MPICH2.
Распинаем файл с секретным словом на все узлы:
for i in `seq 1 []`; do scp /etc/.mpd.conf [name]$i:/etc/; done;
Запустим демонов:
/home/mpich/bin/mpd -h sblade -p [порт, который показал mpdtrace] –daemon

Проверим на головном узле, как прошла настройка:

sblade:~# /home/mpich/bin/mpdtrace -l     255/pts/5 [17:27:11]
sblade_44222 (192.168.101.101)
node2_33135 (192.168.101.2)
node3_43780 (192.168.101.3)
node1_36588 (192.168.101.1)

Если всё так, то настройка Eclipse, MPICH и PTP закончена. Для администратора.

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s

%d bloggers like this: